El programa de la Maestría en Ciencias Agroforestales propone que los proyectos de investigación que resulten de las actividades propias del posgrado, se vinculen con los sectores público, privado y social, con un énfasis en los sectores productivos agrícola y forestal procurando el desarrollo de capacidades locales y el aprovechamiento sustentable de los recursos naturales de los territorios.
La Maestría en Ciencias Agroforestales, es un proyecto que se ha gestado desde el año 2017 por iniciativa del cuerpo académico Agroforestería y desarrollo rural. Por ende, desde su gestación y creación los integrantes del cuerpo académico y del núcleo académico del programa han establecido fuertes vínculos con otras instituciones con el fin de contar con una base solida sobre la cual trabajar en las relaciones interinstitucionales. Se cuenta con convenios de colaboración con la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), específicamente con la Zona de Protección de Recursos Forestales "La Frailescana", con la Reserva de la Biosfera del Triunfo (RETRIBI) donde se han realizado actividades de colaboración de trabajo en campo con comunidades cafetaleras en cultivos de café bajo sombra y palma Camedor bajo sombra.
Como institución de investigación y enseñanza del país, también se coadyuva con Organismos Auxiliares de Sanidad Vegetal (Juntas Locales) y unidades de verificación con las cuales se brinda asesoría en el manejo agronómico y movilización de productos regulados para el cumplimiento de las regulaciones fitosanitarias, sobre todo aquellos productores que cuentan con empaques de limón y mango que movilizan a nivel nacional e internacional. En la sede Villa Corzo también se cuenta con equipos de diagnóstico fitosanitario, que ofrece servicios y asesoría a los productores agropecuarios de la región, para la identificación, manejo y control de hongos fitopatógenos e insectos plaga.