En la Facultad de Ingeniería sede Villa Corzo, se cuenta con un Cuerpo Académico con el estatus en consolidación, con dos líneas de generación Agroforestería sustentable y desarrollo rural, para el caso de este programa se fundamenta en una Línea de Generación y/o Aplicación del Conocimiento: I. Agroforestería sustentable, con esta LG/AC el Programa aprovecha las potencialidades actuales del equipo de profesores-investigadores con que cuenta la Facultad de Ingeniería tanto en la sede Villa Corzo como apoyado por otros Programas Educativos adscritos a la mencionada facultad.
El trabajo colegiado, a partir del Cuerpo Académico, es una de las fortalezas que caracteriza el núcleo básico que soporta la Maestría. Además, existen profesionales habilitados, con grados de doctor y en múltiples disciplinas que poseen no sólo intereses de investigación comunes y visiones del desarrollo similar, así como compromisos y valores compartidos.
El programa, por su naturaleza inter y multidisciplinaria, también ofrece las bases para que profesores de diversos perfiles contribuyan al fortalecimiento de las Líneas de Generación y/o Aplicación del Conocimiento de la Maestría.
Por lo tanto, las investigaciones se orientan de manera inter y multidisciplinaria en ciencias de la agronomía, pecuaria, forestal, ecología, biología, veterinaria y etnoecología, desde el nivel poblacional hasta el de paisaje. La producción agropecuaria, forestal, conservación, manejo y aprovechamiento sustentable de los recursos bioculturales, tomando en cuenta los conocimientos y saberes tradicionales, es el aspecto fundamental de esta línea. Se trabaja en problemas de; agroecología, microbiología, manejo integrado de plagas y enfermedades, ecofisiología vegetal, bioquímica, uso del suelo y sistemas agroforestales, sistemas silvopastoriles, manejo de los recursos forestales maderables y no maderables, silvicultura tropical, geomática y análisis de paisaje, manejo de cuencas, domesticación de plantas, aspectos ecológicos, sociales y económicos del manejo y aprovechamiento de la vida silvestre, restauración etnoecológica. Esta línea de investigación se subdivide en dos sublineas.
- 1. Interacciones bióticas y abióticas de los sistemas agroforestales
Con esta sub-línea de investigación se cubren las necesidades y problemas de investigación en temas relacionados con los factores bióticos y abióticos y su interacción con los componentes de los diferentes sistemas agroforestales. El desarrollo de investigaciones dentro de esta línea, le permitirá al estudiante, consolidar los conocimientos, habilidades y actitudes adquiridas durante las diferentes áreas del conocimiento del plan de estudios, con énfasis en investigaciones aplicadas que generen impactos directos en la sociedad.
Las áreas temáticas a abordar en esta línea serán las siguientes:
- Caracterización de las condiciones físicas (macro y microclimáticas) relacionadas con la radiación solar, la temperatura y la disponibilidad de agua y nutrientes en el suelo y su efecto en los cultivos y los animales.
- Interacciones planta-insecto-patógenos y mecanismos biológicos, moleculares y biotecnológicos de diagnóstico y control.
- Análisis e interpretación de las interacciones bióticas y abióticas de cultivos y los animales en sistemas agroforestales.
A través de estas áreas temáticas, se generarán nuevos conocimientos y metodologías, así como la evaluación de la factibilidad de los sistemas agroforestales estudiados.
- 2. Análisis socioeconómico y de sustentabilidad de los sistemas agroforestales
La comprensión de las dinámicas y de las condiciones sociales y económicas, así como de los diferentes fenómenos culturales de los sistemas agroforestales exige el estudio científico bajo una mirada sensible y multidisciplinaria, ya que son éstos los que dan sentido a la transferencia de tecnología y eficacia de las políticas públicas.
En esta línea de investigación se busca articular las dimensiones de trabajo, organización social, educación, actores sociales y sustentabilidad que den respuesta a los fenómenos socioeconómicos de los sistemas agroforestales. De igual manera, busca evaluar los riesgos que se generan con las dinámicas de precariedad laboral, conflictos, tensiones, migraciones, sobreexplotación de recursos naturales, etcétera. Las dimensiones y riesgos socioeconómicos, en un contexto cambiante de políticas públicas, configuran un entramado complejo de experiencias 
sociales-estructurales y subjetivas, cuyo análisis es obligado e impostergable.
Las áreas temáticas a abordar en esta línea son:
- Configuraciones socioproductivas en los sistemas agroforestales.
- Organización social en el aprovechamiento de los sistemas agroforestales.
- Etnobotánica y desarrollo sustentable.