El programa de maestría cuenta con un laboratorio de Ciencias donde se establecen diferentes investigaciones de Fisiología Vegetal y de manejo de microorganismos benéficos, se tienen los proyectos de construcción de dos laboratorios más: Laboratorio de biofertilizantes y Bioinsecticidas y del Laboratorio de Fisiología vegetal y ecología evolutiva; además cuenta con laboratorios en la Ciudad Universitaria: el Laboratorio Académico y de Investigación en salud Ambiental y el Laboratorio del Banco de germoplasma vegetal.
Laboratorio académico y de investigación en salud ambiental (Sede Tuxtla)
Laboratorio de ciencias en la sede Villa Corzo
Se tiene convenios con laboratorios externos para la realización de las investigaciones científicas como lo son: el Laboratorio de Bioinsecticidas CINVESTAV-Irapuato y el Laboratorio de Patología Vegetal y Control Biológico CIAD-Unidad Cuauhtémoc.
Laboratorio de Patología Vegetal y Control Biológico (CIAD-Unidad Cuauhtémoc), vinculación con Dr. Claudio Ríos Velasco(SNI II)
Laboratorio de Bioinsecticidas (CINVESTAV-Irapuato), vinculación con el Dr. Jorge Ibarra Rendon (SNI-III)